1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
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娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。 尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。
奇利男谢洛（森久保祥太郎 配音）是大陆最强魔术士查尔德曼（中田让治 配音）的得意弟子，在获得了“钢之继承者”的名号之后，谢洛离开了牙之塔，化名欧菲踏上了寻找姐姐阿丽莎的旅途。虽然阿丽莎已经异形化，并且犯下了滔天的罪行，但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。 在旅途中，欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥（大久保瑠美 配音），和非常崇拜欧菲，拜他为师的青年马吉克（小林裕介 配音），三人结伴而行，与此同时，欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友，决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
宇宙中熊猫星球的太空熊猫为了保护熊猫星球与黑暗宇宙的天狼鼠大战，从而引发了宇宙大爆炸，随着宇宙大爆炸的能量旋窝，太空熊猫意外闯入地球，并结识地球上的小泰、小尚以及六福星球的啾啾马、哞哞牛、咩咩羊、咯咯鸡、汪汪狗、哼哼猪几个基因宝贝，大家在一起搞怪卖萌。 天狼鼠在宇宙大爆炸作用下变成了一块能量陨石跟随到了六福星球，后与黑精鼠合体后变成了基因怪兽，能力大增，他将太空熊猫分身解体。 大家为了挽救太空熊猫的五个分身，一起穿越时空，跨越金木水火土五个空间，大战黑精鼠和五大鼠王，最终获得胜利，告别基因宝贝六福星返回熊猫星球。
