三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
从高中时代就开始暗恋学长荀枫的林鹿考进了荀枫所在的大学，新生报名后，林鹿在树下悄悄说出自己的暗恋小心思，没想到居然被树上的帅哥——新任校草夏翊听到了，林鹿惊慌失措，在回家的路上居然发现夏翊和女明星茗窈“约会”？！夏翊不想让自己的秘密暴露，便说能帮林鹿追到荀枫，由此，一段懵懂的情感物语就此开始。
海难的冒险，试图逃离神秘的岛屿，家园的史前怪物，包括巨人，金刚先生。
