与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
在边境之地的万年青铜级冒险者的主人公雷特。他十分不幸地遭遇到迷宫深处的强大魔物，败北了。当他回过神来，已然变成骷髅人《skeleton》。如此一来他甚至都无法回到城镇里，在苦恼过后，他回想起魔物存在进化这件事。总而言之，他决定先以得到肉体为目标，在迷宫里打倒魔物。
这个世界是存在异人的。刚刚接触异人世界的张楚岚，加入了管理异人的组织“哪都通”。为了解开爷爷和自身的秘密，张楚岚和冯宝宝一起前往龙虎山天师府参加异人界的盛会——罗天大醮，并与众多异人高手对战。
次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物，但是作为一个有自主意识的人造人，次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎，因为次郎可以不断学习，最后超越人类；而机器人也讨厌次郎，因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且，有良心回路的机器人是可以拒绝命令的，这更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在于基路教授战斗中，次郎一边通过战斗学习促使良心回路成长，一边寻找光明寺博士的下落。这时，自称次郎的弟弟的人造人三郎为了确认自己存在的意义而向次郎发起了挑战，而让次郎无法还手的利用就是，冷酷的基路教授把光明寺博士的脑放在了三郎体内！！
《机变英盟》讲述的是一个有关对抗的故事，对抗未知的环境；对抗强悍的敌人；甚至——对抗自身的黑暗面。多元宇宙理论上包含无限可能存在的宇宙集……在现今人类远远无法想象的未来，宇宙的生命之火正慢慢枯萎，能源枯竭的危机毁灭了一个又一个的星球。为了生存，名为机械生命体的物种开始了宇宙航行。在漫长的时光中，他们为了获得能源彼此争斗，甚至分裂成了光盟与影盟两派。战火不止，宇宙的物竞天择已到了最惨烈的时刻。直到有一天,光盟战士叱风云得到一条神秘线索，拥有无限能源的宇宙秘宝竟然出现了！挽救宇宙的希望就在边境，已经毁灭的地球之中！为了未来的延续，叱风云与战友们欣然前往。然而他们并不知道，得到这条线索的并不只有他们。黑暗正在蔓延，战争的硝烟，正慢慢将他们吞没……
近卫昂（井口裕香 配音）家世世代代都作为凉月家的管家而存在，以此与凉月家族形成了深厚的羁绊。可是，管家的职位只能由男子担当，为了延续祖先的传统，近卫昂女扮男装隐藏身份，成为了大小姐凉月奏（喜多村英梨 配音）的管家。 坂町近次郎是一个普通的男生，由于童年的遭遇，长大后的次郎开始变得无法从容的面对女性，这一现象一般被称为“女性恐惧症”。由于这种特质，次郎发现了近卫昂的秘密，为了掩盖事实，凉月奏以治疗其恐惧症为条件，要求次郎保守这个秘密。从此，在害怕女性的次郎身边，开始出没大量外形可爱性格活泼的女生，次郎快乐的校园生活正式开始！
