本作讲述的是这样一个故事：回到王立警察特殊犯罪捜査课的天才搜查官基思（キース・フリック）追寻着某个事件的犯人。该犯人是专门猎杀凶恶犯罪者的连续杀人犯，通称“Killer B”。在犯罪现场必然会刻下的“B”的文字引起了人们的注意和猜测。“B”其实是为了她的留言。“我在这里……”即使是身体变成了异形，黑羽也继续刻下无法传递的思念。基思和黑羽，两个未曾相见的人的命运终于被一个同样的阴谋卷在一起。
こんな未来があったらいいな、と思わず言いたくなるような近い将来のとある港町――萌桜町。 町の顔ともいえる電子機器メーカーの大手ＡＭＢカンパニーが、動物によるアニマルセラピーならぬ 美少女アンドロイドによる萌えセラピー効果を狙いとした新サービス、『萌えＣａｎちぇんじ！』をスタートすることが発表され、 おおいにわき返る町の一角でその広報を担当する、通称「ナビ嬢」に選ばれた喜屋武知恵と萌木杏奈は今日もリハーサルに励んでいた ――といってもノリノリなのは知恵だけだったが。そんな二人の仲睦まじい（？）様子を物陰から伺う人影が。 不思議な力を発揮するスマートフォンや食べたらびっくりのケーキ屋さんに迷いこんじゃったりと、 二人のまわりでは次々とトラブルが巻き起こっていく。裏で暗躍する（？）謎の二人組もいて…… 人気携帯ゲーム『萌えＣａｎちぇんじ！』の世界観を、キャラクターたちのひと騒動を通して描くフレアイパワフルコメディＯＶＡ。 ──世界は萌えで変革する──
