本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT 小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说… 于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。
故事发生在公元1612年，宝嘉公主（艾琳·贝达 Irene Bedard 配音）跟随着英国外交官拉尔夫（比利·赞恩 Billy Zane 配音）远渡重洋来到英国伦敦面见国王和王后，共同商讨族人的命运和领土的未来，跟随着她的除了保镖乌塔外，还有古灵精怪的米可（约翰·卡西尔 John Kassir 配音）、帕西和福利特（弗兰克·维尔克 Frank Welker 配音）。 在伦敦，宝嘉公主意外的和贪婪邪恶的伯克利（大卫·奥根·斯提尔斯 David Ogden Stiers 配音）重逢了，后者再一次将触角伸向了印第安人的土地，想要借此大捞一笔。宝嘉公主识破了伯克利的阴谋，和其斗智斗勇。除此之外，宝嘉公主还遇见了阔别已久的约翰史密斯（Donal Gibson 配音）。
自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起，艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉，艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。但是，在严酷的战斗中，艾伦自己也变成了巨人。为了人类的自由，艾伦施展着巨人的力量，并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中，艾伦最终胜出了。即便如此，艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群，人类将如何面对？
