《赛尔号之圣者逆袭》是《赛尔号》动画片的续集。讲述的是2110年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。 为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号，寻找传说中的无尽能源。可就在找到无尽能源的时候，无尽能源被宇宙海盗欧比组织摧毁，赛尔们不得不去寻找藏在宇宙深处，由谱尼看守的第二个无尽能源……
边见瑞纪（下田麻美 配音）的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周（土田大 配音）。一日，瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小可爱的蜘蛛娘（金田朋子 配音）从中掉了出来。蜘蛛娘告诉瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情蜘蛛娘的遭遇，收留了她。但一名古籍师告诉砚周，蜘蛛娘是非常危险的生物，只要接近她就会在不知不觉中被迷惑从而丧生。 不听劝告的砚周决定将蜘蛛娘送回到她的母亲所在的地方，那是一幢阴森的古宅，里面有一只巨大的蜘蛛正匍匐在黑暗中等待着它的猎物。
被红雾包围，四周都是荒废的建筑物，在毫无人烟的舞台上——三姐妹努力生存的故事。故事的中心人物是把头发扎起来为特征的凛、有着猫耳，总是成熟稳重的姐姐律以及身着女仆般服装，天真烂漫的气氛制造者丽奈。在扑朔迷离的世界里，姐妹们的目标究竟是…
