《Kizuna no Allele》叙述如陨星般在网络世界中出场，知名度疯涨的超级偶像「绊爱」，连续五年得到「Virtual Grid Award」较大殊荣「金兔奖」后忽然大众的视野里消退。 随着时间的推移，美少女「Miracle」怀抱着对绊爱的向往而来到塑造虚似专业人才「Aden 学院」，和同伴们一起向着理想前行，渡过归属于他们的学院岁月。
历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
