《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
西暦1976年。突如浅草に無機生命体オーガピエンスが出現、地球に対して攻撃を開始した。オーガピエンス率いるオーガソルジャーに対抗できるのは，月面で発見された「ジーデヴァイス」の設計図をもとに開発された巨大ロボット・ジーマインしかない。花川戸家の長女･あやめは謎の青年･甲児の導きによってジーマインを起動させ、オーガソルジャーと戦うことになるが…。
王者峡谷居然出现了这样的事情！月夜下的凶残分尸，树林里的幽暗鬼影，千里追凶，抽丝剥茧，凶手就是他！背后的操控者是谁，波澜诡异的凶杀案所为何事，逗比无敌却又正义爆棚的峡谷重案组，将为你一一揭开谜底。
故事发生在神奈川县之中，北条文太郎（山下诚一郎 配音）是一位十分平凡的男子高中生，对于未来，文太郎没有什么希冀和幻想，每一天都在平淡和无望之中度过。一天，名为黑田砂雪（千菅春香 配音）的女生突然找到了文太郎，砂雪是学校里如同明星一样闪耀的存在，同时也是文太郎一直默默暗恋着的对象，她找到文太郎究竟是为了什么呢？ 原来，文太郎曾经写过的一个剧本深深的吸引了砂雪，砂雪希望文太郎能够协助自己制作美少女游戏，在半推半就之中，文太郎入了伙，但是对于游戏制作的基本流程，文太郎一无所知。同样参与游戏制作的还有文太郎的青梅竹马早川夕夏（花泽香菜 配音）和完美主义者安东映叶（明坂聪美 配音）等人。
