千年前，灵兽蜃与玄水祭司萤情同姐弟，然而蜃顽劣之极，误入魔道，以至生灵涂炭。萤为救天下苍生与汐族协力将蜃魔哄骗封印。封印之时，萤一念之仁，为蜃魔留下一线生机。此后，萤牺牲自己以赎罪，汐族众人也被困于凝固的时间之中。千年后，蜃魔复苏之日渐近，当年的萤转世为玄水祭司瞳溟。蜃魔沉睡千年，只为报复萤的背叛，他附身在了瞳溟深爱的妹妹瞳洸身上，借瞳洸之手毁灭了瞳溟所守护的一切，爱的守护和恨的利刃将会牵扯出怎样的恩怨情仇……
深受过往失败所苦的花式滑冰选手，遇见一心追求滑冰梦想的年轻女孩，他决定成为她的教练，与她携手朝世界级金牌前进。
一只井底的青蛙威尔，来到人类的世界，冒充一名被施咒的王子，帮助城堡中的小公主苏菲亚粉碎皇叔班特的阴谋，成功继承皇位，成为女王。而自己也带着爱人萝拉回归井下，告诉同伴井外的世界很大很大。
自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起，艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉，艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。但是，在严酷的战斗中，艾伦自己也变成了巨人。为了人类的自由，艾伦施展着巨人的力量，并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中，艾伦最终胜出了。即便如此，艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群，人类将如何面对？
崇尚科技修仙的新术崛起，传承千年的修真旧术却逐渐没落，旧术天才小子王煊，意外加入神秘组织秘路，夺至宝、战新术、斗列仙、在一系列惊险刺激的冒险中，他窥探到旧术隐藏的大秘密。为应对即将降临的巨大危机，王煊不惜深入星空，挑战自己成长的极限。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
本作确定分割两季度放送
