真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 在激战的彼端，等待着他的是……
欧文的叔叔在经营着一家以动物表演闻名的马戏团，但一场大火却让叔叔意外去世，马戏团的表演场也全部化为灰烬。此时，继承马戏团的重担落在了欧文身上，但他却显得犹豫不决，而在叔叔的葬礼上，欧文的大伯霍勒肖放话要继承马戏团和宝藏，小丑红鼻头也将一盒贴着“绝对不能吃”的动物饼干交给了欧文，令局势更加混乱……
故事就发生在名为哈吉布基的森林里。有一群小老鼠生活在这片森林中，在这里，像他们这样的小动物需要时刻提防体形更大的动物，比如森林里的狐狸，不然就会有被吃掉的危险。其中的一只小老鼠在家人遭遇危险之后终于决定做些什么：他要让森林里所有的动物都能接受一部法案，这样大家就能相亲相爱地生活在一起。
