五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。
故事将与游戏内Shuffle活动展开联动，包含「桃源乡偶像拳」、「真夜中のBUTLERS」与「La Mort」。 由于Esemble Square推出过多部偶像电影，偶像们动身前往纽约，准备参加偶像电影祭典「IDOL FILM FESTIVAL」的颁奖典礼，然而怪异的影子却悄悄向他们逼近。
