黑天易是一名警察，2014年因公殉职。两年后他的未婚妻袁晓佳不想待在这个充满回忆的城市，决定搬家离开，在收拾行李的时候找到了天易的一部旧手机。通过这个连SIM卡都没有的手机，晓佳却得以跨越时空，与天易再一次取得了联系……
“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她，创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团，通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来，但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。
故事讲述在赛博坦的战争中，正邪势力在寻找他们的能量之源火种源时发生了冲突。
