沧南危机解决后，林七夜完成津南山为期一年的守夜人集训考核，成为了正式的守夜人后，重回136小队，与伙伴再度开启一场与古神教会的崭新较量……新的西方邪神亮相，人类天花板齐聚沧南，一场巨大的灾难风暴正悄然酝酿成型。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
武笠美姬（宫下早纪 配音）是一个老实本分，个性非常内向的女孩。因为不爱说话，他生活里也交不到什么朋友，本以为这样孤单的日子将一直伴随着她到毕业。直到有一天，美姬在机缘巧合之下邂逅了名为高屋敷绫（高野麻里佳 配音）的女孩。绫的个性和美姬大相径庭，是一个喜怒哀乐都表现在脸上的女孩，个性大大咧咧又开朗热情，在绫的带领下，美姬第一次接触到了桌游。 爽朗稳重有条不紊的班长大野翠（富田美忧 配音），以成为桌游设计师为目标的，来自德国的美少女转校生艾米莉亚（市道真央 配音），在一家名为骰子俱乐部的桌游店里，美少女们欢快的课后时光拉开了序幕。
对于自己出生24年以来没有女友的人生感到不安的フグ野マスオ在向占卜师询问是否能拥有恋人的时候、得到的答案却是[一生无法恋爱或者结婚]。为此所受到的打击在一场相亲中为对象潮崎渚的一见钟情所打破。强行将渚带出去的渚的友人同时也是是マスオ的同事的磯辺波子的指导下互相接近，マスオ也在为了成为渚的恋人而奋斗但是……
