"妖灵"，最初只是出现在小范围的灵异事件中，有无害的善灵，也有危险的恶灵。一百年前，恶灵突然大量增长，肆意屠杀人类。人类数量锐减，挣扎求生，直到拥有妖气潜力，能够操纵"妖灵"对抗恶灵之人——御灵师们出现。在收容所长大的少年林风和他的妖灵童童一起，在这波诡云谲的时代将何去何从，未来又有怎样的机遇和危险等着他们呢?
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
年近四十、有些不起眼的普通公司员工（社畜）佐佐木因为受到养了宠物的同事的影响，决心也要养宠物，意外地在宠物店与文鸟小哔相遇并购买了它。可实际上小哔其实是异世界的贤者转生而来，并拥有人类沟通的特殊能力。就这样，佐佐木与小哔开始了往返异世界与现实世界的新故事。
