「光明之心」的故事始于某一天，一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现，其后更发现她的记忆和感情均已失去，而通过与岛上居民进行心灵交流，辉夜也一点点地取回了感情。与此同时，本身和平的温达利亚岛却引来了大量的海贼，原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石。为了帮辉夜取回她的记忆和感情，同时也为了再次恢复温达利亚的和平，同样因为某种原因漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包屋工作和生活着的里克，决定与一同在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同展开冒险之旅。
21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
梦想成为歌手的摇滚青年斯科特（迈克尔·塞拉 Michael Cera 配音）有一支乐队几个死党和一段不堪回首的恋情，他深爱的前女友安维·亚当斯（布丽·拉尔森 Brie Larson 配音）被自己崇拜的同行横刀夺爱。正当悲观的他陷入了深深的感情阴影中无法自拔时，高中生少女 奈福斯·周（爱伦·王 Ellen Wong 配音）和梦中情人拉蒙娜·花（玛丽·伊丽莎白·文斯蒂德 Mary Elizabeth Winstead 配音）同时出现在了他的眼前。斯科特对花一见钟情，但令他没有想到的是，他必须先打败她的7个邪恶前男友，才能得到花的芳心。而此时，安维·亚当斯的归来和奈福斯·周的乱入又为这看似不可能完成的任务增加了难度。
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