突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
敬文的舅舅在昏迷17 年后突然苏醒过来，已届中年的舅舅开口说出无法辨认的语言，而且还能使用魔法。
时值19世纪，名门特兰西家的家主亚洛斯，是个金发碧眼的美少年。在他刚出生没多久，便遭“精灵”掳走，直到数年前，才和“黑执事”克劳德，一起回到特兰西家。克劳德对主人绝对忠诚，总是陪伴在他身边，优雅达成各种任务。但是除了名字以外，没有人知道克劳德的过去与来历。而亚洛斯的叔叔，平时就懒得无厌、视财如命。为了自己的利益，竟开始对她们的身份起疑。
某所中学，总是被邻座的女生高木同学捉弄的男生西片。他为了对此反击而用尽计策，却总是被高木同学看透。季节轮回，升入2年级的西片，这一次他是否能够顺利反击高木同学呢…？ 「令人心动的微笑」必至，先害羞就输了的“捉弄大战”第2轮比赛终于开幕！
