21世纪。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。 从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。 但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。 获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。 但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争……。 魔法少女的战斗没有结束——
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
佳纪和光住在乡下小村庄，两人一起长大，从小形影不离。 燠热难当的艳阳。 此起彼落的蝉鸣。 回家路上的冰淇淋。 那天，一个再完美不过的平凡夏日，他们随口闲聊，哈哈大笑。 佳纪忽然转头问光：“其实你不是光吧？” 六个月前，光在山里走失，一星期后离奇归来。 这个光的容貌和言语都与原本的光别无二致，但他体内有某种不太对劲的东西在骚动。 “光已经不在了，那样的话，你……” 佳纪继续与那个模仿光的“东西”相处，假装一切都没有改变。 然而，村庄里却开始怪事频传。 渐渐坠入某个未知的“东西”…… 以成长为主题的恐怖故事拉开序幕。
明明上一秒还其乐融融的餐厅，下一秒竟然血流成河……明明是爱民如子的君王下一秒竟然变成嗜血凶兽……“明”失去了一切在乎的人，这个糟糕的王真的很糟糕！我要向他复仇！等等，你是说面前这个只剩100天寿命的魂魄才是真的“烈”？好好好！100天，就让我俩一起加冕称王吧！
我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
