故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
楠灵高中学生会继承枪灵徽记，作为正义联盟里的一员打败邪恶势力是他们的使命，然而邪恶势力也在变得越来越强。主人公是一位一身屌丝气息，虽然能力不强但在关键时刻敢于担当，舍命保护身边的人。他的独特人格魅力吸引力身边许多女生。偶然间救下女主从而唤醒传说中的枪灵
