三桥晴子的看护对象高泽喜十郎，被寺田卓送去成为由第6世代电脑控制的高性能看护床“Z-001”实验对象。为了救出喜十郎，晴子在骇客老人的帮助下利用喜十郎亡妻高泽春的声音来唤醒喜十郎，电脑却因此产生春的人格而开始失控。
未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
充满青春朝气的圣条学院，自初中时代便与井上心叶（入野自由 配音）相识，并因某个事件偷偷喜欢上这名有着温暖和善笑容男孩的琴吹七濑（水树奈奈 配音），也许正是青春的傲骄性格，在同学的追问下，七濑宣言最最讨厌心叶。事后她深感后悔，在好友小森（下田麻美 配音）的鼓励和谋划下，七濑尝试用各种办法表白自己的心迹，可最后不是临阵怯懦，便是弄巧成拙。难道对喜欢的人一展笑容如此困难？少女那充满焦虑和别扭的小情怀。洒满金色余辉的公园，七濑的泪水夺眶而出…… 本片根据野村美月的同名轻小说原作改编。
椿的身影消失，取回平稳的日子后没过多久——突然，街上下起了不合季节的雪。 想到这一异常气象说不定与吸血鬼有关的真昼，也为了集合主人们，而对“色欲”的主人·有栖院御园说起此事。 但，他从御园那里得到了“由于现在自己无法行动，因此之后再会合”这种难得的含糊不清的回答。 随后，在由于之后没能与御园取得联络而感到担心的真昼等人面前，御园的哥哥御国出现了。 ——有栖院家一心隐藏的，有关“色欲”与“嫉妒”的过去。御园被封印的记忆，于今解明。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
