影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部 巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
台东的飙车王林港（刘德华 饰）在一次飚车比赛中与当地黑帮起冲突，杀死了一名黑帮要员而逃到了香港，投靠了当地黑帮老大顶爷。顶爷安排林港住在手下焦贵的情妇阿Sue（吕秀菱 饰）家，林港则和焦贵一起负责黑帮的生意买卖。一次焦贵和湖南大圈仔帮交易时私吞金表，不知就里的林港帮焦贵 击退了大圈仔，令大圈华（王霄 饰）误以为是林港私吞了金表。大圈仔帮四处找林港寻仇，阿Sue亦牵涉其中，同时，警方亦威逼利诱林港作线人。无奈之下，林港和阿Sue逃回了大陆暂避风头，然而依旧逃不过大圈仔帮的追杀，林港最终命运如何？
奥利弗的梦想是成为一名歌手，可是，才华满满的他却似乎总是不走运，白白错失了很多成名的机会，至今默默无闻。女儿安娜贝尔（玛拉·威尔逊 Mara Wilson 饰）将父亲的努力都看在眼里，相信世界上有魔法存在的她向仙女寻求帮助，哪知道求来了一个对法术并不是很精通的仙童莫瑞。 莫瑞虽然有心想要帮助奥利弗和安娜贝尔，可是能力有限，往往弄巧成拙惹出一对的大麻烦。与此同时，邪恶的魔女克劳迪亚（黛博拉·奥黛儿 Deborah Odell 饰）重活了自由，为了称霸世界，她偷走了所有的魔杖，可百密一疏把莫瑞手上的那一根给漏掉了，就这样，莫瑞成为了拯救世界的最后希望。
一位物理学家用热力学定律来描述浪漫感情，但他的理论却被自己的爱情生活所证伪。
