时期是大正末期。
日本作为军事国家不得不与世界争斗，激烈的时代。
主人公柊京一郎升学到帝国大学，向帝都东京出发。为了学习而迈进，为了家乡而决心成为一名出色的人物的京一郎，却因为自身特别的力量引起了军部——大日本帝国军的注意。
变得能看见死去的人类——死灵发生于京一郎患了大病的幼时。从那时起对于京一郎而言死灵一直是恐惧的对象，而军部却将其作为对抗外国威胁的力量加以利用。
军部与意图阻止其计划的人们的对立，牵连了京一郎的命运，改变着帝国的未来——
东京都高度育成高等学校，以升学率和就业率100%而自豪， 每个月都有相当于10万日元的积分的梦幻般的学校。 但实际上，这是一所实力至上主义的学校，只有一部分成绩优秀的学生才能受到优厚的待遇。 绫小路等人在1年级第3学期升格到C班， 第一学年最终特别考试的结果，惜败A班，再次降级到D班。 2年级从D班重新开始。 春假过后，绫小路与轻井泽成为恋人关系。 堀北与憧憬优秀哥哥·学的自己诀别。 在人际关系逐渐变化的过程中，大家升入2年级。 绫小路等新2年级生最初的特别考试， 与新生搭档进行笔试。 但是，新生中混入了月城所安排的来自白色房间的刺客——。 跨越学年的新关系带来的是暴风雨还是风平浪静？ 第2年的学校生活现在拉开了帷幕。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
从很小的时候起，在母亲的引导和教导下，有马公生（花江夏树 配音）便将成为优秀的钢琴师当做了自己的毕生理想，一路走来，亦斩获了不少佳绩。不幸的是，在11岁那年，有马的母亲去世了，而有马亦再也无法听见自己所演奏的琴声，如此一来，他同自己最初的梦想渐行渐远。 在念初三那年，一位名叫宫园薰（种田梨沙 配音）的女生出现在了有马的身边，薰演奏的乐器是小提琴。很快，有马便被薰身上所散发出来的才情和热情所吸引了。让有马没有想到的是，薰竟然指定有马成为她比赛中的伴奏，在薰的影响下，有马渐渐重燃了对于钢琴的热爱，他和薰之间的距离也因此越来越近。
兵藤一诚（梶裕贵 饰）是学校里出了名的好色男，因此遭到了诸多女生的嫌恶，某日，一位名叫天野夕麻（生天目仁美 配音）的神秘美少女突然出在了一诚的面前，她不仅向一诚告了白，还提出了约会的请求。难道一诚的春天就要这样来临了？ 让一诚没有想到的是，在初次的约会之中，自己竟然被天野夕麻杀死了。原来，夕麻的真实身份是下级堕天使丽娜丽，她接受了教会的命令，专门前来刺杀一诚。就在一诚魂飞魄散之际，学园里的公认校花莉亚丝（日笠阳子 配音）出现在了他的面前，她使用恶魔棋子将一诚复活，并使其成为了自己的眷属。教会刺杀一诚的真实目的究竟是什么呢？一诚又将怎样面对死而复生的人生呢？
本田透是一个天真、善良、迷糊的高中女生，从小与妈妈相依为命。但一场车祸夺去了妈妈的生命，让小透成了一个孤儿，她带着全部家当搬到山林里，过起了林间独居的帐篷生活。在命运的安排下，小透无意中走进了一个古老大宅，邂逅了奇怪的男子草摩紫吴。原来他是草摩由希的表哥，而由希又是学校里一致公认的王子，这间大宅正是由希的住所。当天晚上林间土石塌方，小透所住的帐篷被土石掩埋，幸好由希和紫吴将她及时救出，让她暂时住进他们的大宅里。 草摩家族几百年的秘密被小透发现，由希、紫吴等人只要被异性拥抱，就会立刻变身为十二生肖中的对应生肖。另一个神秘的少年阿夹，不仅变身为猫而且还隐藏着这个家族中更大的秘密。草摩家族的当家人发令，必须消除知道真相的小透的记忆。而小透一句“就算我的记忆消除了，请你还是继续和我做朋友”感动了由希、阿夹等人，她更像一缕温暖的阳光，照亮了阴雾重重的草摩家族。
十年，最后的最后
“听啊，是正义崩坏的声音。” 伪装潜入龙神守望者组织的战斗员D，他是否能成功完成任务？
