科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……
这部动画巨制以独特的视角向你讲述明朝“土木堡之变”时期，一直守护成吉思汗“天武圣宝”宝藏的护宝一族一夜之间被屠杀殆尽后，侥幸生还的护宝一族少主乌云宗寻找仇家，追寻宝藏，并一路与伙伴和仇家之间上演的一场关于追寻和成长、爱情与友情、阴谋与背叛的精彩故事。
为了拯救陷入能源危机的玉兔村，玉兔村村长派出兔子白枝去往人类社会寻找失踪多年的嫦娥娘娘，初到人类社会并不了解人类生活习惯的白枝处处碰壁，无意中白枝碰到了人类的小孩小中并从流氓手中将其救下，为了报答白枝，小中将它收留到自己家中。 之后，白枝在玉兔村的伙伴——绿枝和灰枝都纷纷来到人类社会帮助白枝完成任务。他们几位的突然到来给小中一家带来了欢乐与惊喜。 但是危机正在等待着他们。白枝的哥哥黑枝也正带着他那群邪恶的朋友们，在人间寻找着嫦娥娘娘，想要吸收天月的力量。 一场正邪之间的战斗渐渐拉开序幕……
