在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
電影版《來自深淵 深魂的黎明》很快將要在 2020 年 1 月 17 日於日本上映，官方特別為支持本作的粉絲製作了觀影特典，是將今年的愚人節企劃《マルルクちゃんの日常》以四個短篇動畫呈現，分為四週在正片之前上映。 以因為皮膚無法照射到陽光，與奧森一同居住在深界二層「監視基地」的「瑪露露庫」作為主角，描繪瑪露露庫日常生活的番外篇。
