天庭有珍奇书籍“天书”，被锁在石龛门里三千年。看守天书的袁公对天书的内容好奇不已，他乘无人之际，偷偷拿出观看。原来，天书上记录了一百〇八条法术，袁公偷偷下凡，把天书上的内容刻在石壁上。但本意造福人类的袁公此举却触犯了天条，遭到了玉帝的惩罚。 炼丹炉里的仙丹不慎被三条狐狸偷吃了，她们变成精下凡骗人钱财，还假扮仙姑和官府勾结，欺压百姓，祸害人间。袁公便指引天赋异禀的蛋生——一个从蛋里跳出来的孩子修习天书上的法术，和狐狸精斗智斗勇，为民除害。
被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！
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作品以日本著名推理小说家江户川乱步的诸多名作为原案，将乱步的幻想世界观与现代的舞台相结合。动画讲述在某所中学发生了教师被杀事件。就读于这所学校的少年小林，与前来搜查事件的天才侦探明智相遇。对于只搜查异常犯罪的明智感兴趣的小林，不顾朋友羽柴的反对，自愿成为其“助手”。在接连发生的奇怪事件当中，小林很快和明智展开了调查。
