马上就要升为初中二年级的未来，在春假的夜晚发现天空中有神秘的物体掉到了附近的公园。”会不会是魔法师呢？“满心期待的未来，第二天一边欢欣雀跃，一边带着心爱的小熊去了公园。她发现骑着扫把浮在空中，自称里子的女孩，是个魔法师！里子声称是为了找寻物品而来到未来的世界的。而面对突然出现的邪恶魔法师，二人的挂件发出光芒，变身为传说中的光之美少女！
King Sombra曾经统治小马国边缘的水晶王国，带来了无尽的苦难。后来他被塞拉斯迪亚公主和露娜公主联合击败，变成阴影，并被放逐。 一千年后，King Sombra卷土重来，想要重新统治水晶王国。大公主希望暮光闪闪一行去保护水晶王国，免受King Sombra的再度袭击。他们克服重重困难和阻挠，去保护水晶王国，并让那里再度恢复生机。
“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……
