在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
帕德公爵和安的双亲为了保护圣灵之冠与盗冠者玛蒙展开大战。为了彻底打败强大的玛蒙，安的双亲选择把他逼进黑暗空间，由帕德公爵负责封印时空之门，同时也封印了安。安历经艰辛终于战胜了他的影子，并达到天人合一的境界。为了阻止重返世间的黑暗之子玛蒙，安在伙伴们的帮助下一起向黑暗之神玛蒙发起战斗，欲夺回圣灵之冠……
