《我的抗战2》延续了之前热播的《我的抗战》草根奇侠路线，讲述了由白三、苗香儿等一群各自身怀绝技的草根新四军战士组成的“猎豹突击队”与狡猾的日本侵略者之间斗智斗勇的传奇故事。
邪王石之轩武功盖世，但他害怕自己的一身邪恶武功将来为祸人间，于是将自己和封存住巨大功力的邪帝舍利一起冰封在邪王墓里面。进入邪王墓的唯一钥匙就是记载着上乘武功的秘笈《长生诀》，因此江湖上人人都想得到它，但它已经失落于江湖多年，无人得知它的去向。另一方面，杨州城的两个自幼相依为命的孤儿寇仲（林峰 饰）和徐子陵（吴卓羲 饰）虽然一直在干些小偷小摸维持生计，但二人天资过人，都希望学成一身好武功将来出人投地，于是想拜当地的石龙道长为师。岂料去找石龙的时候，发现石龙正与一武功高强的女子傅君婥相斗。原来石龙从傅君婥身上盗走了江湖上人人欲得之的《长生诀》。一番恶斗后，傅君婥取回了《长生诀》，但也受了重伤，寇仲、徐子陵和她一起逃走。这时，朝廷的禁卫军总共宇文化及率领一干人等前来抢《长生诀》，傅君婥知道三人再一起走的话肯定都跑不掉了，于是将《长生诀》交给寇仲二人保管，然后她独自引开追兵。寇仲、徐子陵这对自称的杨州双龙自此开始了他们的江湖之旅。
驻守在特区的某部二营营长李桂林，周末之夜，他去电视台与女朋友许娜相会，部队却忽然接到了抗洪命令。二营成了抗洪先头部队，被空运到了位于长江险要地段的江川市。教导员钟涛正在休假，闻讯立即归队。部队直奔双河垸，营救出了被洪水围困的群众和九中预备参加高考的学生以及女教师楚天洁。 洪水危机仍然威胁江川市凤凰院，分洪迫在眉睫。但是有翟建业、高升这样的“蛀虫”，令抗洪战士们面临生与死的选择，李桂林经过这场考验，对人生观、价值观有了新的熟悉。
由于一段时间内涉及女性的犯罪频发，安东市公安局决定成立女子特案组，专门处理此类案件。原刑警队女探长陆捷担任组长，又调入退役的女特警赵欣瑜和刚刚警校毕业的时尚女孩周菲菲，以及电脑高手罗浩，这四个人性格反差很大，一开始就很不搭调。 在一次抓捕毒贩的过程中，陆捷的丈夫孙刚不幸牺牲，凶手在逃。陆捷悲痛万分，发誓一定要将凶手绳之以法。刑警队长郭笑冬牵头成立了“122专案组”调查此案，由于陆捷的情绪失控，接二连三捅出篓子，郭笑冬勒令陆捷不要插手此案，陆捷很郁闷。 女子特案组接手的第一起案子是利用不雅照片勒索主持人的案件，调查中发现，不雅照的女主角是凯乐门夜总会的小姐晶晶，而凯乐门又是“122案”的重要线索，于是陆捷以此为借口，插手凯乐门的调查。 周菲菲利用人肉搜索找出了晶晶，顺藤摸瓜诱捕了勒索主持人案的嫌犯田柱子，然而他们发现有一个电脑黑客利用这件事的影响，同时勒索了好几十人，获得了巨额的赃款，这个黑客具有很强的反侦察能力，完全抓不住他的把柄。通过监控录像，陆捷发现这个黑客和刺杀孙刚的嫌犯非常像，很可能是同一个人。这两起案子有什么牵连呢？ 由于系列勒索案牵涉到凯乐门，客人都以为凯乐门偷拍客人并实施敲诈，导致其生意一落千丈。孙刚的弟弟孙铁为兄报仇，来到凯乐门当保安做卧底。老板陈金瀚拉着郭笑冬来凯乐门唱歌洗澡，希望他成为自己的保护伞。陆捷误会郭笑冬搞腐化，于是派人监控他，两个人不停地发生冲突，打打闹闹。 孙铁找出了“122案”中外逃的线人起子，但起子被人抢先一步刺死，作案手法和杀孙刚的杀手一模一样，在现场发现了陈金瀚的指纹。陈金瀚感觉到自己的危险处境，决定铤而走险，出清库存毒品。在交货现场，郭笑冬带着刑警从天而降，警匪双方爆发激战，陈金瀚摔死，陆捷受伤。在陈金瀚的家中发现了“122”案中使用的凶器，于是警方认定“122案”结案。 经过这次生死之战，郭笑冬和陆捷的误会得以化解。原来郭笑冬是故意被陈金瀚拉拢，令他放松警惕，导致陈金瀚判断失误，被绳之以法。只是陆捷认为那个杀手不是陈金瀚，而是有人嫁祸给他，所以决定继续追查。经过这一段时间的磨合，女子特案组四个成员也在磕磕绊绊中变得成熟，成为一支很有战斗力的队伍。 凯乐门被风华娱乐城的老板王兰高收购，孙铁继续在凯乐门卧底，他发现王兰高也在暗中从事毒品生意，这个王兰高是和陆捷的妹妹陆静的男朋友，陆捷特意去警告陆静，但陆静被爱情冲昏了头脑，对姐姐的警告置若罔闻。 罗浩喜欢上了周菲菲，但周菲菲却对郭笑冬一往情深，郭笑冬觉得两人差距太大，不可能在一起。陆捷介绍好友乔曼尼给他，乔曼尼是九鼎集团的总经理助理，完美女性，尤为难得的是，她很喜欢警察，对郭笑冬一见钟情。 孙铁在凯乐门发现了那个杀手嫌疑人——瘦高个，陆捷跟踪他，意外找到了一条地下毒品生产线，陆捷叫来救兵准备查抄时，地下工厂已被彻底烧毁。这个工厂是九鼎集团的一个废弃制药厂，陆捷要求彻查九鼎集团，但郭笑冬说，该集团是本市的标杆企业，后台很硬，没有确凿的证据，根本不能动。 地下工厂被毁让王兰高遭受重大损失，他决定除掉陆捷，他派手下熊三绑架了陆捷的孩子苗苗，并索要五十万赎金。陆捷拿不出这么多钱，于是，陆静找到王兰高，借了五十万。 陆捷孤身一人带着钱去换孩子，没想到陷入了敌人的埋伏，陆捷身受重伤，郭笑冬及时带着队伍救下陆捷。郭笑冬对陆捷悉心照顾，引起了乔曼尼的不满，她一针见血地指出，郭笑冬喜欢的人是陆捷。 王兰高写了一封匿名信，向纪委举报陆捷索贿五十万，纪委调查陆捷，陆捷被停职。郭笑冬给予陆捷无微不至的关怀，两个人的心渐渐靠在一起。 陆捷在家整理旧物，意外发现孙刚死之前留下的线索，根据这个线索，女子特案组对九鼎集团、王兰高、乔曼尼展开了全面调查，终于揭开了一个尘封的秘密，乔曼尼和王兰高是一对地下情人，他们一直在进行犯罪活动，而孙刚就是因为发现了端倪，而被灭口的。 一切就绪，只等待收网。王兰高终于按耐不住，进行一笔大宗毒品交易，在孙铁的配合下，刑警包围了交易现场，瘦高个雷蒙和乔曼尼被捕，王兰高出逃。在证据面前，乔曼尼交代了所有罪行，原来，乔曼尼是安东市贩毒团伙的头领，王兰高和雷蒙是她的左右手，凯乐门的陈金瀚也曾经是她的手下，后来陈金瀚妄图甩掉他们闹独立，所以乔曼尼设下圈套，整垮了凯乐门，让王兰高接替了毒品的终端市场 尘埃落定，孙铁和恋人举办婚礼，此时王兰高突然出现，全身捆满炸弹，劫持了陆静，要求警察把乔曼尼放出来，孙铁奋不顾身救下陆静，和王兰高同归于尽。 郭笑冬最终和陆捷走到了一起。
