选徒仪式前突然造访， 行事神秘的翩翩公子是何身份； 九重死地深处的灵神古墓， 是否真的存留有破碎神格？ 路途坎坷，险象迭生！素不相识的两位少年将如何携手克服重重困难？
今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。 作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。
楠木凑成了乡下一座新建宅院的管理员。原本是座有恶灵寄宿其中、非常「不干净」的院落大宅，然而身怀超强驱除邪祟力量的楠木却在不知不觉间将之消灭殆尽！彻底净化过后的楠木邸变得万分舒适宜居，诸多各有个性的神明纷纷为之而来！爱吃甜食的山神、还有毛茸茸的眷族、嗜酒的灵龟……待他察觉到的时候，宅院庭院竟已成了四季如春的神域！？甚至连现代阴阳师都会为了藉助楠木驱除邪祟的力量前来造访……与山神邻居们温馨的山林乐居生活，才正要拉开序幕。
某天，独居在森林里的魔女艾丽莎（声优：古贺葵）捡到了人类婴儿。艾丽莎替婴儿取名为「薇奥拉」，并决定扶养她。十六年后，薇奥拉（声优：水树奈奈）不只变成超级恋母的女孩，连个子和上围成长的幅度都超乎预料…
小师爷是生长在江南古镇绍兴的天才儿童，受师爷文化和父亲的影响，立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。他性格顽皮，举止搞笑，极富侠气和正义感。他借用自己的智慧和勇气，与小越、丁丁、钱贯等小伙伴一起，从身边做起，从小事做起，克服各种困难，处处替人排忧解难。在这一过程中，小师爷虽然经历了各种困苦和磨难，但却收获了更多的东西，友谊、关爱、和身心的成长。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
在一个地方，宝石宠物和人类和睦的在一起生活着。这时候茱莉亚女王拜托了宝石宠物，叫他们收集魔法宝石，并且给露比等人魔法宝石箱...
因冤罪失业，过上躺平生活的吉冈茂，无意间进入游戏世界。他舍弃外貌，却换来了爆表的属性值，凭借开挂般的能力，以 “绝对神” 的身份开启第二人生。在与同期进入游戏世界的圣华、诚司、丽兹三人共同冒险时，茂却背负着"触碰女人就会扣生命值"的致命缺陷...为求自保，他本打算尽快离队，独自应对游戏中的挑战。然而获得了巨大力量的他，第二人生到底会如何？！
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
