《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
巨树族的木奇灵松卡梦想成为最强勇士，于是他前往人类世界找契约伙伴洛飞帮助自己赢得...
女孩子穿透天花板，从2楼掉了下来！？ 住在破旧公寓里的我，唯一感到治愈的，是美人房东和2楼的可爱女孩。 某天，天花板发出嘎吱嘎吱的声音……“啪叽！”一声破裂了，那个2楼的女孩在我的正上方从天而降……！？ 通过奇迹般的桃色事件，偶然相连的心灵与身体。 之后，我竟然开始与2位美女共同生活！？ 同一屋檐下，过于浓密的三角关系会如何发展……！
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。 为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！ 之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
三岛春来（寺岛拓笃 配音）是一位非常平凡的高中一年级生，因为一本名为《人鱼的王子》的绘本而对游泳这项运动产生了兴趣，继而加入了学校的游泳部。实际上，春来一直默默的喜欢着名为真四季美春（神田沙也加 配音）的女孩，正是这个热爱读书的女孩给了他那本改变了他命运的绘本。 本田塔羽（铃村健一 配音）是班级里公认的轻浮男，但实际上，在轻浮的外表之下，他的个性却反而非常的认真。三桥真珠（钉宫理惠 配音）是一位标准的优等生，在严格的家庭之中长大。命运让这两个性格截然相反的人相遇了，看着真珠的样子，本田感到内心里的感情正在不断地悸动。
梦想成为竞泳选手踏上世界舞台的少年．松冈凛。从澳洲回国之后，以实力加入鲛柄学园游泳部并成为重要的一员。曾经最好的对手兼伙伴宗介突然出现，两人因为能再度一同游泳而感到高兴，但谁都不知道宗介决定在鲛柄学园度过高中生活最后一年、背后真正的理由… 这是朝着梦想出发、继续游泳的凛，面对跟独一无二的好友约定的故事。
花畑佳子（悠木碧 配音）是一个实实在在的笨蛋。不仅学习力为零，常常收获零分的考卷，在生活中，也是个完全不认路，总是莫名其妙惹出各种各样麻烦的问题人物。可是，佳子虽然脑袋笨，却拥有一颗闪闪发光的善良的内心。阿久津明（杉田智和 配音）和佳子刚好相反，他拥有绝顶聪明的头脑，却不擅长一切和运动有关的事情。是他一直陪伴在佳子身边，照顾着她的学习和生活。 温柔迷糊的隅野沙耶香（原田彩枫 配音）是佳子唯一的也是最好的朋友，她的言行举止常常在不知不觉之中被佳子带歪。风纪委员长（上坂堇 配音）苦苦的暗恋着津明，佳子对于她来说，是情敌一般的存在。
