某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界走向了和平。 在战争中作为军人的薇尔莉特•伊芙加登，怀抱着对她来说无比重要之人留下的“话语”，离开军队来到了大港口城市。 踊跃的人群在排列着煤气灯的街道马路上来来往往地穿梭着。薇欧瑞特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面委托人、触碰着他们内心深处的坦率感情。与此同时，薇欧瑞特在记录书信时，渐渐明白那“话语”的含义。
故事发生在名为三嶋崎的海边小镇之上，私立美滨学园中，来了一位名叫风见雄二（樱井孝宏 配音）的转学生，然而，让雄二没有想到的是，在学园之中只有五名学生，并且全部都是女性，就这样，在小小的高墙之中，雄二的新生活就此展开。 拥有美丽外表但性格孤僻的大小姐榊由美子（田中凉子 配 音）、个性开朗活泼，稍稍有些男孩子气的周防天音（田口宏子 配音）、倔强傲娇运气极差的松岛满（水桥香织 配音）、外表天真可爱实则有着悲惨过去的入巢莳菜（民安智惠 配音）和尽忠职守的天然呆小岭幸（清水爱 配音），五个表面看来天真烂漫的女孩，各自却有着灰暗的过去，雄二的到来能否扫清她们心中的阴霾？
看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
