女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色，是班上的中心人物之一，她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷，而谷的个性与铃木恰恰相反，他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白，直到某日一个偶然机会，两人放学回家时走在同一条路上，并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感，并开始交往，而同学们虽然感到讶异，但也都很支持两人的恋情。
在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
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