召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。 不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
时代的流淌逐渐泛起波澜。 乱世中，为野心而养精促锐者、企一展雄图者、为该守护之物而战斗者…… 这样，拥有不同梦想的人被命运的蚕丝牵结。 缔结成姊妹的关羽和张飞。 究竟，有何物在其前行之路上等待着呢？ “吾名为关羽。与吾一起平定此乱世吧！”
学业优秀的高中二年级学生村上良太（逢坂良太 配音）是天文部唯一一名成员，童年时代他曾有过十分要好的朋友“黑猫”，但在一次事故中，少女黑猫为了营救良太而被宣告死亡。这起事件给了良太沉重的打击与创伤，因此他才希望代替黑猫仰望星空，找到传说中的外星人。这一天，美丽女孩黑羽宁子（种田梨沙 配音）转到良太的班级，他惊讶地发现，黑羽竟和黑猫长得极其相像。宁子是个奇怪神秘的女孩，她不会九九乘法，却能够预测他人的死期。她在暴雨中拯救了本该死去的良太，并向对方透露了其魔法使的身份。为了保护良太，宁子拒绝与之过多接触。然而好奇心十足且对过去抱着诸多疑问的良太，还是义无返顾闯入了一个神秘而危险的世界…… 本片根据冈本伦的原作改编。
有一天，小行星熊玛利亚星在宇宙的某处爆发，成就一群坠落地球的流星，使地球各处的熊发生异变。熊大举进食人类，人类再报以还击，结果造成没有战果和充满仇恨的恶性循环，直至两边不约而同筑起断绝之墙，期望以后互不侵犯……一天早上，呼啸山庄学园的学生——椿辉红羽和泉乃纯花，在学园的百合花坛里一同看见百合之花。二人于是成就“既为朋友，亦为恋人”的关系，并将花坛视为最重要的地方。就在此时，熊警报突然响起，揭示对方再度入侵人类世界，准备陷入混战。揭示这些熊的真实身份和目的之时，新谜题的出现带来新一波的怒涛，揭开背后华丽的每一幕……
