《彗星路西法》讲述闪耀着蓝色光辉的矿石吉夫特矿石所覆盖的大地，行星吉夫特。宗吾天城是住在因吉夫特矿石采掘而繁荣的小镇，靛蓝花园的纯朴少年。以收集稀少矿石为乐趣的宗吾，某天被卷入同级生卡恩、罗曼、欧特等人引发的骚动，迷失在矿山深处的地底湖。在那里，宗吾遇到了一位不可思议的少女随风飘逸的蓝色长发，直直凝视的红色瞳孔。她究竟是什么人，这次邂逅给宗吾带来了什么？随后，缔结的羁绊将打开通往冒险的大门。
娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。 尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。
