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　　一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。
　　柯克命令“赏金号”进入引力弹射状态，利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。此后，他们开始寻找能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰恢复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源几乎被耗尽。柯克与斯波克最终获得了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的协助，她在索萨利托市鲸鱼协会照料两头座头鲸。
　　在经历了许多的困难后——包括让泰勒相信他们的确来自未来——进取号的船员们成功地营救了两头座头鲸，并将它们带到未来，及时地拯救了地球。然后船员们被带到了联邦委员会的面前，接受众多的指控。没有被作为被告的斯波克也与其他船员们站在了一起。最后，鉴于他们新近的英勇表现，除了对柯克中将的控告外，针对其余被告的所有控告都被撤销。柯克以作为一名上级军官却违背命令的罪行被判有罪，并象征性地被降职为上校以示惩戒；但作为对他英勇行为的表彰，他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来到23世纪的泰勒博士，决定加入星际舰队并成为一名科学官。
　　作为情节框架的支线剧情，展现了斯波克逐渐地恢复了他的记忆、他此前获得并接受的人类传统，以及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明白母亲询问他的“感觉”有何意义；但到最后，他已能足够意识到“感觉”对人类的重要性，并托父亲告诉母亲，他“感觉良好”。

　　女帝（瞿颖饰）为了一个“两生花开，帝王星现”乾坤倒转，天下大乱”的传说深感不安，于是让亲信尉缭（吴彦祖饰）派出玄机使蓝翎（钟欣桐饰）和红鸎（范冰冰饰），与叛军首领（甄子丹饰）明争暗斗，极力寻找“帝王孤星”。
　　从小跟着义父黑木爷（梁家辉饰）卖艺为生的炭头（房祖明饰）与柴头（陈柏霖饰），无意中从桃桃（陈冠希饰）手上得到了一块藏宝石板，都被误以为是“帝王孤星”。被蓝翎一直追踪，后来他们两个被以贩卖男奴为生的春十三少（蔡卓妍饰）看中了，四人便开始了一起寻宝的旅途，并开始了各自的恋情。
　　他们到来了藏宝的地点，最后也看到了“帝王孤星”的真身，让他们没人都惊讶不已。

　　恐怖分子劫持了一架民航客机，逼迫机长将目的地设往一座坐满了观众的运动场。在紧要关头，一名德国战斗机飞行员不顾上级指令，在民航机撞向体育场前先行将其击落。他拯救了数万名无辜的观众，却牺牲了飞机上所有的乘客，因此出庭受审。《审判》是一部新颖的互动式电影，邀请观众参与剧情走向的抉择。在听完飞行员为自己的辩解后，观众们要以即席投票的方式，亲自做出决定，选择观看飞行员是有罪还是无罪的影片结局。

　　M（鲁妮·玛拉 Rooney Mara 饰）和C（卡西·阿弗莱克 Casey Affleck 饰）是一对十分恩爱的恋人，在一场车祸中，C不幸死去，将心碎欲绝的M孤零零的留在这个世界之中。然而，C却并没有真正的离开，他依然以灵魂的形式留在他和M一起生活过的那幢房子里，留在M的身边，沉默而又深情的看着他生前的恋人的一举一动。
　　C的离开让M陷入了绝望和痛苦之中，她哭泣、抑郁、自闭，仿佛生活在真空里。M决定从房子里搬出去，可是C无法离开，他只能继续的等待着等待着，支持着C的，是M曾经留在墙缝里的一张字条。新的住客来了又走，无限的时间永恒的流逝着，某日，拆迁队将C所在的屋子拆除了，一片废墟之中，C发现，原来被困在无尽的等待中的，并非只有他一个。