不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中！
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
喜欢枪枝的不良少年．一之濑四季在某天突然变成了「桃太郎机关」驱除追杀的目标，这是因为他其实继承了鬼的血统！而将其扶养长大、没有血缘关系的养父原来以前曾经是桃太郎机关的成员之一！在知晓这些惊人真相的同时，四季的养父也遭到桃太郎机关的成员．桃屋重创，但这样的惨剧竟然导致四季过度愤怒而爆发出潜藏的力量…！
我是圭太，一名正准备中考的学生。我正在一对双胞胎姐姐的帮助下努力学习。但该说是幸福呢还是不幸呢，两人都超积极！而且都是回头率十分高的美少女。究竟这禁忌之恋能否实现呢？……啊不是！是能否考上高中呢！？当初圭太虽表现得很讨厌，但逐渐和双胞胎姐姐亚香、理香的距离缩短了……在姐姐们各自的要求下，嘴唇曾几次互相重叠。在不知不觉间已向禁断的二等边三角关系迈进……
本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。 同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。
