在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
高中生佐藤和真（福岛润 配音）喜爱一切和二次元相关的东西，是一名典型的宅男家里蹲，却在百年难得一遇的外出日里遭遇了交通事故不幸命丧黄泉。让佐藤没有想到的是，自己竟然和本应该引导自己投胎转世的女神阿克亚（雨宫天 配音）一同穿越来到了异世界阿克塞尔城，在这里，他们必须依靠自 己的双手创造财富，如此才能够生存下去。 个性火爆的可爱魔法师惠惠（高桥李依 配音）、属性奇怪的千金大小姐达克尼斯（茅野爱衣 配音）、盗贼克丽丝（诹访彩花 配音）、经营着魔道具小店却毫无经商头脑的维兹（堀江由衣 配音），在曾经的世界里一个朋友都没有的佐藤，在这里获得了珍贵的友谊。
“想洗清嫌疑，方法有很多，语言辩解只是其中的一种，但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法！” 紫川秀，这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领，在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下，成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王，诞生了！
普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
