话说玉皇大帝安排唐僧师徒整理天庭档案后。搞得整个天庭鸡飞狗跳，玉帝被众神仙堵在了凌霄宝殿门口。众仙情绪激动，以不成功便成仁的誓死精神逼迫玉帝撤职查办师徒四人，还要登报道歉，摆酒赔钱。虽然玉帝也早就后悔死了，但毕竟人家是如来佛祖的关系户，而且天庭档案管理的工作又是自己安排的，现在开除他们好像也有点自抽耳光，思量再三，决定祸水要流外人田，让这几个狗血的家伙到自己的远房表哥宙斯和堂兄奥丁那里去。
普通男子高中生加贺谷修一可以变身为怪物但并不是普通的怪物，而是布偶怪物，而且还是少女进入他的身体控制。这样过着日常生活的他，所热爱的日常，某天开始却突然不复存在……
1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
何方知与阿牙循着线索一路探寻，终于找到了借刀杀人除掉林大人的幕后之人。此后，上凤鸣山，受凤阁主所托，前去西北救一人……在这一路上，何方知又遇到了形形色色的人，他们或居庙堂之上，或处江湖之中，每个人都有自己的选择，都在用自己的方式，坚持自己相信的东西……
