高中生弘树和彼方从小形影不离,感情非常好。一日弘树遇到了车祸,而出壳的灵魂却看到自己安然无恙的又活了过来。原来是具有神秘力量的少女PHALEI一直因为被认为会毁灭祖国而被关在黑暗的地牢里,身体也一直停留在14岁状态,她找到弘树的灵魂成为她追求的光芒。于是制造了车祸想夺走弘树，弘树进入了彼方的身体,和另一个自己对面,争执中两人落入大海。PHALEI发现无法强求到爱,于是把时间拨回到弘树出车祸的时刻,借助彼方的力量,在重演的事件里弘树成功生还,灵魂也终于回到了自己的身体里。
故事发生在异世界中，在这里，被称为“噬神者”的鬼怪潜伏在人群之中，散播着恐惧和危险。在一场浩浩荡荡而又旷日持久的战争之后，人类终于以伤亡惨重为代价将噬神者们封印在了三层结界之后，然而随着时间的流逝，第一层结界碎裂了，这也就意味着，如果坐视不管的话，数百年前的悲剧将要重演。 就在这个危急关头，身形纤弱但拥有着强大力量的少女们出现了。天真乐观的静御前（铃木爱奈 配音）、温柔冷静的义经（松井惠理子 配音）、嗜酒如命的茨木童子（三森铃子 配音）、捉摸不透的辉夜（橘田泉 配音）、可爱娇小的天照（原奈津子 配音），这些少女们要对抗的，是名为“撒旦”的最强噬神者。
“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
美丽而又耀眼的—— 美少年侦探团，开幕！
