职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
孤儿女孩凌清捡到了一个弃婴，取名凌风，从此姐弟相依为命。凌风发现自己是玻璃脉，为了保护姐姐加强锻炼，结果意外暴毙。凌风进入了梦境发现自己原来是神武大陆武圣奇才，误饮了封印多年的太一真水，结果惨烈自焚，离奇重生武道变成玻璃脉的废材，醒来发现自己经脉都痊愈了。姐姐凌清患了寒冰魄，必须需要融血丹才能治愈。 为此凌风报考了灵武学院，经过选拔凌风获得选拔第一名，拜入美女炼丹师云梦门下学习炼丹。凌风有炼丹天赋，半个月后就成为了初级炼丹师。凌风体内有太一真水，武功修为成长也很快。学院跟莫云宗交流战，灵武学院弟子被莫云宗
某天突然被召唤到异世界的 普通上班族——向田刚志。 他凭借固有技能《网购超市》， 运用订购自现代的调味料烹饪美食， 与传说中的魔兽绯尔·史莱姆「史伊」一同， 尽情享受着异世界生活。 随着新伙伴的加入， 美味之旅再度启程！！
本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
