故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
“大Z”吉克（杰夫·布里吉斯 Jeff Bridges 配音）是企鹅世界最知名的冲浪选手，他有着光辉成绩，又在十年前消失在一次比赛里，因此成为传奇，他的故事激励了一代又一代小企鹅继承冲浪事业，科迪（希亚·拉博夫 Shia LaBeouf 配音）就是其中最痴迷的一个，他从小就立志走出小镇，也的确凭自己的努力和天赋，得到经纪人长腿鸟（马里奥·坎东尼 Mario Cantone 配音）和矮熊老板（詹姆斯·伍兹 James Woods 配音）的支持，带他进入世界级冲浪比赛赛场——夏威夷岛。在那里，科迪遇见了一个蔑视“大Z”的傲慢选手“坦克”（狄尔里奇·巴德 Diedrich Bader 配音），为维护偶像向他提出挑战，还遇到美丽的救生企鹅兰妮（佐伊·丹斯切尔 Zooey Deschanel 配音），梦想和爱情，一起摆在年轻科迪的面前……
故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
故事将以赛马娘们与练马师梦寐以求，一生只能挑战一次的经典三冠比赛皋月赏、日本赛马、菊花赏为主题，描述成田路、爱慕织姬、好歌剧等被称作三强的赛马娘，将抱着绝不认输的思绪，朝着顶点进发。
