在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。 宇宙历0157年，分离的兄弟重逢于战场，在名为重力的命运指引下，降临大地母亲——地球。 由于坠入大气层时遭受重击，斯巴鲁的爱机·杜兰德尔壮烈牺牲。宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员斯巴鲁的悲鸣响彻于残骸之上。 ――啜泣中的斯巴鲁，身体突然产生异变…！！总窝在驾驶舱内不出来的他竟然出现了驾驶舱戒断症状…
故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本喜八对稻子说不要信这些看不见的东西，从今之后将是电气时代。而此时稻子的 父亲对稻子说了关于结婚的事情，而且是父亲单方面决定的，稻子本来是放弃抵抗认为自己的价值就是如此，但坂本喜八打开了稻子想要离开这个家的心声，带着稻子离开了这个封闭的家。阻止结婚的方法是找出奇书《二十世纪电气目录》，那是喜八童年时代写下的关于电气的预言书，而喜八过去的哥哥清六带走这本书之后下落不明，喜八和稻子为了寻找这本奇书在京都和滋贺等地逃窜，消失的“电气目录”和其背后隐藏的秘密都等待揭开。
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
黑暗梦魇，有增无减。务必认清，敌人的真面目……
