モンスターの心を癒す力を持つ癒術士の少年・ユウは、幼い頃に父から不思議な瓶をプレゼントされる。 ユウが瓶に触れると中から出てきたのは液体状の少女・メルク。 そしてユウと出会う前の記憶がないメルクは自分が何者なのか知りたいと言い、2人はさまざまな国を巡る旅に出た。 モンスター恐怖症の見習い癒術士ユウと、瓶詰め少女のメルクが巻き起こす2人のコミカルファンタジー開幕。
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
