建文等人为了救出七里，决定前往阿夏号，在阿夏号上遇到了女海盗七杀的刁难，艰难险阻之下救下了七里，但七里却因为自身背负的家族命运无法与建文离开，正当建文踟躇之时，燕王登基消息传来，又恰逢海藏珠现世，阿夏号上要召开比武大会；建文为了报仇，便下定决心要获得海藏珠的力量，开始苦练准备起比武大会。此时阴阳师等人复活邪神的阴谋也陆续浮出水面，建文在阿夏号上与阴阳师等人斗智斗勇。另一方面，骑鲸商团铜雀的到来，给七杀带来了新的消息，建文也许便是解开这一系列阴谋的“命定之人”，建文等人的故事又将走向何方呢？
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
本作确定分割两季度放送
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
