那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。 流德雪尔率领的〈光之圣痕〉与魔神族的圣战，激化至波及布里塔尼亚全境。 取得3个戒禁的艾斯塔罗萨失控暴走，带走了伊丽莎白。金、高瑟、霍克、沙利叶、塔米叶紧随其后，抵达了天空演舞场遗址。 与此同时，在卡美洛城中，决定成为新魔神王的梅利奥达斯，在暗黑领域的茧中逐步获取戒禁。 为了拯救梅利奥达斯的灵魂而将自身投入炼狱的班，徘徊于常人决无法存活的瘴气当中。 逐渐明朗的艾斯塔罗萨的真正身份。崩坏的高瑟之禁咒。纠缠在一起的思绪将去往何方…… 真正的敌人是谁？应讨伐之人为何物？ 对抗“永远的生与永劫的轮回”这一命运，而持续了3000年旅程的梅利奥达斯与伊丽莎白。两人的旅途将会迎来怎样的结局——
因长期在战争中活跃，而被称为〝救国英雄〞的男人——迪亚斯。 他所收到的唯一奖励就只有——广阔的领地。 与生活在当地的鬼人族少女‧阿尔娜相遇后，开始了他作为领主的第二人生。
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……
