故事发生在2017年，利用仿生技术改造的武装力量“尖兵”早已经渗透了国家安全网的方方面面，琉璃（山新 配音）身为第三代尖兵，因为身体的超负荷运作，只剩下一年的时间了。在此之际，琉璃接到了一个特殊的任务，保护一位名叫孙浩轩的男子（叮当 配音）。 孙浩轩是电子器械方面的天才，并且有着异于常人的自愈能力，暗示了他所拥有的特殊身份。孙浩轩喜欢着学姐白桦（洛如妃 配音），然而白桦的真实身份却是第五代尖兵，她受怀特博士的指使，为了某种使命接近孙浩轩。琉璃和孙浩轩的相遇彻底改变了两人的命运，亦改变了这个世界的未来，在此过程中，冷漠内向的琉璃渐渐爱上了正直善良的孙浩轩，并最终用这份爱拯救了身陷险境的孙浩轩。
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个“Little jijikb.com Busters！”的世界。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以“室友还在募集中…”为由伸出援手。就这样开始了和库特一起度过的暑假，这给他们带来了各种各样的新任务。理树和库特最后得到的东西是......？
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