《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。
毫无征兆的一天，杂音（Noise）突然袭来，与以往专注攻击人类相比，此次杂音似乎更有潜在的目的。曾在射月事件立下赫赫战功的雪音克莉丝（高垣彩阳 配音）与立花响（悠木碧 配音）通力配合，击败了杂音这一波的攻势，同时意识到太古遗产所罗门之杖才是这群杂音真正的目标。另一方面，世界歌姬玛丽亚（日笠阳子 配音）受邀来日，与风鸣翼（水树奈奈 配音）联手举行直播全世界的盛大演唱会。谁知演唱会开始不久，大批杂音入侵，玛丽亚代表反政府武装组织“菲尼”向全世界宣战，并且亮出了黑色的永恒之枪。 围绕着神秘的所罗门之杖，克莉丝、立花响、翼等人的命运受到极大的冲击……
魔法世界，托里斯特因魔法学院，年轻人在这里学习魔法课程。 刚刚升入2年级的少女露易兹•德拉•瓦里埃尔因为一直以来施法成功率为0，被大家戏称为“零之露易兹”，她每次施法都无法成功，反而引起爆炸，把学院正常的学习生活搞的一团糟。 这一天，是魔法师一生一次的使魔召唤仪式，召唤的使魔将会与魔法师永远在一起。其他学生都顺利完成了使魔的召唤，而露易兹咒语一出，毫无意外的发生了爆炸。不过，露易兹还是召唤出了一个使魔——一位人类！东京的少年才人竟然来到了魔法世界，并被当作一位使魔！ 不知所措的才人与不把才人当人看的露易兹签订了契约，在这个魔法学院，东京的普通少年才人，他的命运会怎么样呢。
2116年に起きた東南アジア連合・SEAUnでの事件後、狡噛慎也は放浪の旅を続けていた。南アジアの小国で、狡噛は武装ゲリラに襲われている難民を乗せたバスを救う。その中には、テンジンと名乗るひとりの少女がいた。かたき討ちのために戦い方を学びたいと狡噛に懇願するテンジン。出口のない世界の縁辺で、復讐を望む少女と復讐を終えた男が見届ける、この世界の様相とは…。
