ファンタジー世界を舞台にした国家運営シミュレーションゲーム、『Eternal Nations』。 そこでユーザーランキング一位を獲得した伝説のプレイヤー、伊良拓斗は、入院中に意識を失う。 気が付くと拓斗は、まるでゲームの中のような世界、イドラギィア大陸に降り立っていた――。 そこに現れたのは、『Eternal Nations』で拓斗が最も愛用していたユニット、《汚泥のアトゥ》。 そこで拓斗は、ある決心をする。 「――僕たちの国を作ろう。僕と、君だけの王国を」 アトゥと共に、邪悪な国家である《マイノグーラ》を設立することを決めた拓斗。 個性豊かなダークエルフや英雄を国民とし、 この世界ではチートとも言えるゲームシステムを利用しながら、 大好きな内政に励むのだった。
延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。
Freeman来到香港，却有组织内部的叛徒策划阴谋，阻止他对百八龙的继承
