升入高中开始独居生活的高一学生藤宫周。 他居住的公寓隔壁，住着学校里首屈一指的美少女椎名真昼。 原本毫无交集的两人，却因周借给在雨中淋得全身湿透的她一把伞为契机，展开了一段奇妙的缘分。 看着过着颓废独居生活的周，真昼实在看不下去，便开始为他做饭、打扫房间，在各方面费心照料他。 比邻而居的两人，就这样慢慢地、一点一点地，心意逐渐相通。 这是一个与可爱的邻居之间， 甜蜜又令人心焦的恋爱故事——。
故事发生在位于东京郊外的私立八光学园之中，这所学校致力于培养高贵纯洁的千金大小姐并因此远近闻名。然而，令众人都无法相信的是，自2011年4月起，这所从未被男子所踏足过的圣殿，竟然开始招收男生，而以藤野清志（中川大志 饰）为首的五个男生成为了这所学校历史上的首批男子学员。 在诸葛岳人（柄本时生 饰）、若本真吾（矢野圣人 饰）、安德烈（坂本祐介 饰）和根津让二（宫城大树 饰）的怂恿之下，藤野清志决定和他们一同去偷窥女澡堂，然而很快就落网的四人当然遭受到了来自于校园内部神秘组织“里学生会”的惩罚。他们被监禁在“监狱”之中，每日都要受到会长栗园万里（山崎紘菜 饰）等学生会骨干的“折磨”和“蹂躏”。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
Heroine（名冢佳织 配音）只是一名普通的少女，在8月1日这一天，醒来的她发现自己竟然失去了所有的记忆，在慌乱之中，一个名叫Orion（五十岚裕美 配音）的精灵出现在了她的面前，精灵告诉Heroine自己被困在了她的内心里，只有当Heroine找回了自己的记忆，他才能够重获自由。 就这样，仅仅凭借这手机中储存的一个名字，少女踏上了寻找记忆的旅途。表面冷淡但实际上十分热心的Shin（柿原彻也 配音），具有独特魅力的Ikki（谷山纪章 配音），天才数学家Kent（石田彰 配音），温柔又可靠的Toma（日野聪 配音）等青年接连出现在了她的面前，每个人都在用各自的方式指引着Heroine前进，而终点之处，又是什么在苦苦守候呢？
十万年前，仙界诛仙混战，众神陨落，一本暗藏玄机的《生死天书》落入人间。青年考古学家陆云在一次科考中无意中闯入一间根本无法辨别年代的墓室，至此平静的生活被打破，开始了寻找各种谜团的惊险历程。 被天书拖入仙界的陆云以琅邪天玄州州牧的身份掌管玄州城，刚来到仙界就遇上第一个难题，陆云任期将至，玄州各大世家对州牧之位虎视眈眈，为了能继续任职，无法修炼的陆云带着自己的女使潜入玄赤山大墓寻找能够改变体质的九窍金丹，为躲避仇家暗算，陆云和女使潜入墓穴深处，主仆两人先后遭遇千年尸怪的追赶，成群的尸蝇，诡异的石灵后意外躲进一个暗香四溢的女子闺房，画像上的女子美若天仙，陆云下意识的触碰，激发出体内生死天书的力量，谁知画像上的女子竟是上届玄州州牧的丹仙煜影，也是天书中记载的第一位轮回使者。 有了丹仙的调养，陆云顺利改变体质，通过与琅邪天帝的谈判暂时保住自己的身份，本以为事情就此告一段落。陆云每晚在梦中总能看见一些不属于自己记忆的片段，一次挽风进入陆云房内，看见沉睡的陆云体内的天书疯狂震动，伴随着周身九龙抬棺之异景。为解开天书之谜，陆云根据书中的提示前往毗邻玄河的玄水城查找真相，此时正值玄河大祭，维持百年的活婴献祭使玄水城早已没了生机，百姓想方设法将幼童藏入暗室，襁褓婴儿更是被放进铺满厚棉花的木箱中，要救孩童，陆云必须潜入玄河一探究竟。 满目疮痍的玄河水宫早已被隐藏在黑暗中的乾达婆怪物霸占，陆运等人还未从触目惊心的怪物群中脱险，又受到已经魔化的玄河河神的攻击，为救同伴卿寒，陆云以浮生图为武器，生生逼出体内操控生死天书的力量收服河神，并且又得到了一门新的技能，至此已经是陆云收服第四位轮回使者，每位轮回使者都分别代表了符道、武道、阵法、炼器的等不同方面的最强。陆云步步逼近天书的真相，即便是与天地为敌，四海为伍，此时坐在九重天之上的咒王看着陆云露出微笑：“哼，不自量力的蝼蚁...”
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
曾是同窗的两人在一次同学会上再次见面 引发回忆杀~
