天地是万物众生的客舍，光阴是古往今来的过客。苍天残面张开诡异之眼，所视之处生灵涂炭，化为永恒的禁区。末世之中，因果随行，死地后生。
海婴（伊一 配音）从小就失去了父母，在一个临海的小渔村里过着孤苦伶仃的生活。因为孤身一人，海婴常常受到其他孩子们的欺负，然而，善良的海婴只是选择默默忍耐。海婴觉得，如果自己能够找到母亲，那么她就能够获得朋友们的认可，就这样，小小的女孩踏上了漫漫寻母之旅。 哪知道刚刚出发没多久，海婴就被海盗绑架了，众人千里迢迢来到了仙女城，又在意外之中解除了封印使得邪恶的烈焰魔王重现世间。强大的烈焰魔王企图毁灭整个世界，唯有水晶之剑才能够将其降服。通过和妈妈的心灵感情，海婴最终寻得了宝物，她能否凭借自己的力量战胜邪恶，保护世界的和平呢？
曾经，世界面临着被称为「邪龙」的邪恶存在所毁灭。 然而，一个勇者打败了邪龙，拯救了世界。 此后，已经过了将近200年的时间。 在众多的迷宫都市之一的马萨特，住着一个被称为「无能」的男人。 他叫劳斯特，职业是治愈师。 由于他的无能，劳斯特受到其他冒险者的蔑视、利用和抛弃。 他的日子就是这样日复一日的重复着。 某一天，一个少女出现在了劳斯特的面前。 她叫纳尔赛娜，职业是武道家。 纳尔赛娜对刚刚被队伍驱逐的劳斯特说： “哥哥，你愿意和我组队吗？” 如今，劳斯特和纳尔赛娜，两个人的冒险开始了。
绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。 飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。 结尾画面和结尾语亦为本作之特色，各故事皆有结尾画面和结尾语。大部分的结尾画面为飞天小女警三人，结尾语通常则是“一天又平安的过去了，感谢飞天小女警的努力！”但前两者并非每集皆一成不变；较可能出现的会是解决该集纷争最有助力的人、事、物，而也并非绝对单一个体（也可能复数）。
