自由的她们第二季

　　サマーフェスから1か月が過ぎた頃、346グループ会長の娘で、米国の関連企業から戻ったばかりの美城常務がアイドル部門の統括重役として赴任する。成果が上がるまでの時間がかかりすぎている346プロの現状を問題視する常務は、全プロジェクトを解体して白紙に戻し、有望なアイドルを見定めて彼女らを中心に据える346ブランドの強化案を実行に移した。フェス後に順調に仕事を増やしてきたCPも影響を受け、プロジェクトルームも30階のオフィスから地階へと移ることになる。画一化されたアイドルの理想像を提唱する常務に対し、アイドル各人の個性の成長を重視するプロデューサーは対案として「シンデレラの舞踏会」企画を提示し、今期末（冬）までに一定の成果を出すことを条件に自由裁量権を得る。
　　強引な改革は346プロを徐々に変えていく。常務が有力なアイドルへの働きかけを続ける裏で、CPは「舞踏会」の為に更なるスキルアップに励み、その過程で常務の路線に難色を示す他部署のアイドルをも巻き込んでいく。やがて常務は自ら選抜したアイドル達で構成される新企画「Project:Krone」を発表するが、そのメンバー候補の中にはアナスタシアと凛も含まれていた。アナスタシアは自身の成長のためにあえて参加を決意し、その意を受けた美波と、CPの枠を越えてアイドル各人の将来を考え始めたプロデューサーの承認を受けて「LOVE LAIKA」との掛け持ち態勢に移る。一方、同じく「Krone」に選ばれた中学校時代の同級生・北条加蓮と、その相棒・神谷奈緒とのユニット「トライアドプリムス」に惹かれる「なにか」を感じた凛は卯月と未央に相談を持ちかける。未央は一度は「Krone」への参加に反発するが、凛が求めている「なにか」を自分なりに確かめるため、自分もソロ活動に挑戦することを宣言し、凛の背中を押す。
　　常務から各部署の査定会を兼ねるオータムフェスに急遽参加を求められたプロデューサーは、他部署からの応援を加えてCPを再編成する。

　　21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。
　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。